|
|
Nekovalentní interakce tryptofanu ve struktuře proteinu
Sokol, Albert ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Jurkiewicz, Piotr (oponent)
Dokonalá znalost nekovalentních interakcí aminokyselin uvnitř proteinové struktury je esenciální pro úplné pochopení jeho konformace, stability a funkce. Mezi všemi aminokyselinami, které obvykle tvoří protein, se tryptofan vyjímá jednak svojí vzácností, ale také velikostí postranního řetězce tvořeného indolovou skupinou. Ta je schopna zajišťovat různé typy nepostradatelných interakcí uvnitř proteinu, mezi různými polypeptidovými řetězci, ale také třeba mezi proteinem a biologickou membránou. Navíc se jedná o nejčastěji využívaný přirozený bílkovinný fluorofor. Ke studiu aminokyselinových interakcí se běžně využívají databáze vyřešených proteinových struktur, nad kterými se vytváří více či méně komplexní analýzy. Takto již byly nalezeny mnohé nekovalentní interakce, které mohou mezi tryptofanem a ostatními aminokyselinami nastávat. Většina těchto analýz se ale soustřeďuje na studium konkrétní interakce a nezabývá se prostředím tryptofanu jako celku, kde se všechny aminokyseliny vzájemně ovlivňují. Pomocí nově vytvořených postupů jsou v této práci analyzovány profily výskytu jednotlivých aminokyselin okolo indolové skupiny tryptofanu a výsledky porovnány s dostupnou literaturou. Aminokyselina, která má největší preferenci k tryptofanu, se ukázala být opět tryptofan a tyto dvojice tryptofanů jsou...
|
|
|
Stanovení tryptofanu, serotoninu a melatoninu v rostlinném materiálu pomocí HPLC
Pavlů, Věra ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Kozlík, Petr (oponent)
Tato práce se zabývá vývojem a optimalizací metody pro stanovení tryptofanu a jeho metabolitů - serotoninu a melatoninu - v rostlinném materiálu, konkrétně ve vinné révě, v průběhu jedné analýzy. Využívá k tomu analytickou metodu vysokoúčinnou kapalinovou chromatografii. V teoretické části je nejprve pojednáno o tryptofanu. Je představen jeho metabolismus a základní vlastnosti metabolitů - serotoninu a melatoninu. Diskutován je jeho výskyt ve vinné révě. Jsou zde také uvedeny analytické techniky, pomocí nichž lze tyto analyty stanovit. Dále pak jsou zahrnuty informace o moderních stacionárních fázích, které jsou vhodné pro tento druh analýzy. Experimentální část tvoří optimalizace metody, měření kalibračních závislostí a reálných vzorků. Je měřeno metodou reverzní chromatografie, kdy jako stacionární fáze je nejprve použita kolona C18 s náplní core-shell, poté kolona BEH Phenyl. Jako mobilní fáze je použita směs 10 mM octanového pufru o pH = 4,5 a methanolu. Je využita UV detekce při vlnové délce 254 nm, pro větší citlivost pak hmotnostní detekce. Byly stanoveny základní podmínky experimentu. Na počátku analýzy obsahuje mobilní fáze 95 % (v/v) pufru a 5 % (v/v) methanolu. Poté je obsah methanolu od druhé do šesté minuty lineárně zvyšován na hodnotu 80 % (v/v), kde je mezi šestou a osmou minutou...
|
|
|
Nekovalentní interakce tryptofanu ve struktuře proteinu
Sokol, Albert ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Jurkiewicz, Piotr (oponent)
Dokonalá znalost nekovalentních interakcí aminokyselin uvnitř proteinové struktury je esenciální pro úplné pochopení jeho konformace, stability a funkce. Mezi všemi aminokyselinami, které obvykle tvoří protein, se tryptofan vyjímá jednak svojí vzácností, ale také velikostí postranního řetězce tvořeného indolovou skupinou. Ta je schopna zajišťovat různé typy nepostradatelných interakcí uvnitř proteinu, mezi různými polypeptidovými řetězci, ale také třeba mezi proteinem a biologickou membránou. Navíc se jedná o nejčastěji využívaný přirozený bílkovinný fluorofor. Ke studiu aminokyselinových interakcí se běžně využívají databáze vyřešených proteinových struktur, nad kterými se vytváří více či méně komplexní analýzy. Takto již byly nalezeny mnohé nekovalentní interakce, které mohou mezi tryptofanem a ostatními aminokyselinami nastávat. Většina těchto analýz se ale soustřeďuje na studium konkrétní interakce a nezabývá se prostředím tryptofanu jako celku, kde se všechny aminokyseliny vzájemně ovlivňují. Pomocí nově vytvořených postupů jsou v této práci analyzovány profily výskytu jednotlivých aminokyselin okolo indolové skupiny tryptofanu a výsledky porovnány s dostupnou literaturou. Aminokyselina, která má největší preferenci k tryptofanu, se ukázala být opět tryptofan a tyto dvojice tryptofanů jsou...
|
|
| |
|
|
Stanovení tryptaminu a tryptofanu v biologickém materiálu pomocí kapilární elektroforézy
Šimonová, Alice ; Křížek, Tomáš (vedoucí práce) ; Taraba, Lukáš (oponent)
Cílem této bakalářské práce byl vývoj metody pro stanovení tryptaminu a tryptofanu v biologickém materiálu pomocí kapilární elektroforézy. Celková délka křemenné kapiláry s vnitřním průměrem 75 m byla 50,5 cm a efektivní délka 8,5 cm, dávkování vzorku probíhalo na krátkém konci kapiláry. Bylo optimalizováno složení základního elektrolytu, způsob dávkování a on-line prekoncentrace. Základním elektrolytem byla octová kyselina o koncentraci 1,6 mol/l, vzorek se dávkoval hydrodynamicky tlakem 5 kPa po dobu 5 s a separace probíhala při napětí -30 kV. Detekce analytů probíhala při 220 nm a vnitřního standardu anilinu při 200 nm. Doba separace trvala jen 2 minuty, což je hlavní výhodou stanovení. Mez detekce pro tryptamin je 0,002 mmol/l a pro typtofan 0,001 mmol/l, mez stanovitelnosti pro tryptamin je 0,006 mmol/l a pro tryptofan 0,005 mmol/l. Opakovatelnost ploch píků a migračních časů standardů o koncentraci 0,045 mmol/l vztažených na vnitřní standard anilin poskytla hodnoty relativních směrodatných odchylek menší než 5 %. Použitelnost optimalizované metody byla otestována na listech tabáku virginského a na kultivačním mediu oomycety Pythium oligandrum. Klíčová slova tryptofan, tryptamin, kapilární elektroforéza
|
|
| |
|
|
Modelování komplexních křivek dohasínání anizotropie tryptofanové fluorescence proteinů
Pultarová, Martina ; Večeř, Jaroslav (vedoucí práce) ; Heřman, Petr (oponent)
Tato práce se zabývá simulací křivek dohasínání anizotropie tryptofanové fluorescence modelového systému proteinů, v němž protein P1 s jedním tryptofanem interaguje s regulačním proteinem P2 bez tryptofanu za vzniku komplexu P1P2 při současné změně doby života tryptofanové fluorescence komplexu. Za takových podmínek vykazuje heterogenní směs proteinů P1 a P1P2 v roztoku neexponenciální dohasínání anizotropie fluorescence, jak plyne z rovnic uvedených v práci. Analytické simulace takových křivek jak bez šumu, tak i s Poissonovým šumem představují hlavní výsledky této práce. Výsledky výpočtů potvrzují, že analýza křivek heterogenních systémů se šumem pomocí počítačových programů odvozených pro homogenní systémy poskytuje správné doby života fluorescence, nevede však ke správným parametrům anizotropie fluorescence. Důležitým výsledkem této práce jsou také simulace křivek dohasínání anizotropie fluorescence proteinu P1 nebo komplexu P1P2. Přes vysoké intenzity nasimulovaných dat jsou v důsledku krátké doby života fluorescence tryptofanu výsledné křivky dohasínání anizotropie silně zašuměné a dají se použít jen v relativně krátkém časovém intervalu.
|
|
|
Chirální separace tryptofanu a jeho derivátů metodou HPLC
Voborná, Markéta ; Kalíková, Květa (vedoucí práce) ; Vozka, Jiří (oponent)
Tato bakalářská práce je zaměřena na studium retenčního chování tryptofanu a jeho derivátů a nalezení vhodných podmínek pro chirální separace těchto látek metodou vysokoúčinné kapalinové chromatografie. Sada chirálních analytů obsahovala D,L-tryptofan a 8 jeho derivátů - 5-fluoro-D,L-tryptofan, 5-hydroxy-D,L-tryptofan, N-BOC-D,L-tryptofan, D,L-tryptofanol, D,L-tryptofan metyl ester, D,L-tryptofan butyl ester, D,L-tryptofan oktyl ester a D,L-tryptofan benzyl ester. V této práci byly použity čtyři chirální stacionární fáze, a to na bázi cyklofruktanů (kolona Larihc CF6-P), makrocyklických antibiotik (kolony Chirobiotic V a T) a amylosy (kolona Chiralpak AD-RH). Separace byly prováděny ve dvou separačních módech - reverzním a polárně organickém. Nejlepší enantioseparace 5-fluoro-D,L-tryptofanu, 5-hydroxy-D,L-tryptofanu a D,L-tryptofanu bylo dosaženo na teikoplaninové chirální stacionární fázi. Všechny tyto tři analyty byly separovány na základní linii při použití polárně organického módu. Chirální stacionární fáze na bázi amylosy byla nejvhodnější pro enantioseparaci esterů tryptofanu. Tři ze čtyř esterů tryptofanu (D,L-tryptofan metyl ester, D,L-tryptofan butyl ester a D,L-tryptofan benzyl ester) byly částečně separovány na této chirální stacionární fázi v reverzním módu. Klíčová slova: HPLC,...
|
|
| |
host ::
RSS.